Mange av farmasøytene deltar i tverrfaglig samarbeid på sykehusets ulike poster, både innenfor somatikk og psykiatri. Dessuten underviser farmasøytene om legemiddelbruk på mange kurs på Lærings- og Mestringssenteret (LMS) ved sykehuset. Farmasøytene har spesiell ekspertise på veiledning, service og informasjon til legemiddelbrukeren.

Pasienter med revmatisk sykdom står spesielt i fokus og Sykehusapoteket lagerfører reseptpliktige legemidler som kan være bestillingsvare på andre apotek for disse pasientene.

Sykehusapotekets hovedoppgave er å levere legemidler til Diakonhjemmet Sykehus og Sykehusapoteket har en egen produksjonsavdeling hvor det lages individuelt tilpasset  infusjonsmedisin til den enkelte pasient.