EHI har et stort, tverrfaglig forskningsmiljø innen forskning på bærekraftige, innovative helsetjenester og gode pasientforløp. EHI leder forskningsnettverket RECONNECT, og er en del av REMEDY. EHI har også sykehusovergripende funksjoner tilknyttet innovasjon forskningsformidling og driver også forskningsformidling og kompetansespredning innen revmatologi .