Det er tre hovedavtaler som gjelder på Diakonhjemmet Sykehus: En med LO, en med YS og en parallellavtale. På sykehuset er følgende arbeidstakerorganisasjoner representert:

• Fagforbundet
• Norsk Sykepleierforbund
• Den norske legeforening, Overlegeforeningen
• Yngre legers forening
• Delta
• NITO - Norges Ingeniør- og Teknologorganisasjon
• Norske Fysioterapeuters forbund
• Norsk Ergoterapeutforbund
• Norsk Radiografforbund
• Fellesorganisasjonen for barnevernspedagoger, sosionomer og vernepleiere
• Utdanningsforbundet
• Norsk psykologforening
• Norsk presteforening
• Forskerforbundet
• Tekna

Hovedavtalen regulerer de ansattes rett til medbestemmelse gjennom blant annet tillitsvalgtapparatet og Arbeidsmiljøutvalget (AMU). Tariffavtalen regulerer lønn, tillegg, permisjoner og annet.

Sykehuset har ved enkelte avdelinger tatt i bruk ønsketurnus for personale som går i turnus. Med ønsketurnus er den enkelte selv med på å bestemme når man vil jobbe bare man fyller sin stilling. Turnusen settes opp av de ansatte i fellesskap, dog slik at alles turnus samsvarer med lovverket.

Ansatte ved sykehuset er omfattet av offentlig tjenestepensjonsordning i KLP (Kommunal Landspensjonskasse). Dette sikrer alderspensjon, pensjon ved uførhet og død. Se klp.no .

Den lovpålagte yrkesskadeforsikringen er gjennom tariffavtalen utvidet til også å gjelde på reise mellom hjem og arbeidssted. Det er også tariffavtalt en gruppelivsforsikring som sikrer etterlatte en engangsutbetaling ved dødsfall. Ansatte er forsikret på fritiden gjennom en ulykkesforsikring fritid. Forsikringen dekker dødsfall og medisinsk invaliditet som følge av ulykke i fritiden. 

Bedriftshelsetjenesten arbeider med forhold knyttet til ansattes helse, arbeidsmiljø og sikkerhet. Dette skjer i samarbeid med valgte verneombud, hovedverneombud, verneleder og Arbeidsmiljøutvalget (AMU).

Utvalget har, ved siden av verne- og miljøarbeidet, som sin viktigste oppgave å realisere de ansattes medbestemmelsesrett. Utvalgets sammensetning og ansvarsområde er avtalefestet. Arbeidstakersiden og arbeidsgiversiden har fire representanter hver i utvalget. Leder velges vekselvis blant arbeidstaker - og arbeidsgiverrepresentantene for ett år om gangen.

Diakonhjemmet Sykehus er en IA-virksomhet. IA er forkortelse for et inkluderende arbeidsliv og stammer fra Intensjonsavtalen om et mer inkluderende arbeidsliv, som er inngått mellom partene i arbeidslivet og regjeringen. Avtalens hovedmål er å gi plass til alle som kan og vil arbeide. 

Alle som ansettes ved Diakonhjemmet Sykehus skal på eget initiativ opplyse arbeidsgiver om eventuelle bierverv, slik at arbeidsgiver får mulighet til å ta stilling til om biervervet er forenlig med en eventuell stilling på sykehuset. Med bierverv menes enhver lønnet og/eller ulønnet aktivitet for en annen oppdragsgiver eller arbeidsgiver, eller engasjement i form av eierinteresser og/eller styreverv i annen privat eller offentlig virksomhet.